Постоянно программировал EPM7128 на плате с работающим процессором, который в это время к ней обращался по параллельной шине. Никаких проблем не было.
Может быть, ваш самодельный байт-бластер уже на ладан дышит? Земля на шлейфе оборвалась, но иногда контакт есть

Все-таки для производства полезно иметь что-то фирменное.
С уже б/у микросхемами имхо более вероятно столкнуться при корпусе PLCC. Этим Чип-и-Дип славится.