По поводу всех замечаний скажу - это лишь схема, поясняющая принцип действия, а не точное устройство.
Где в БУ1 Вы увидели включение микросхемы?

если что - я её выход намерен подключать через трансформатор к затвору MOSFET.
Аккумулятор с низким напряжением выбрал именно для того, чтобы можно было работать при низкой частоте вращения PMSM-генератора (PMSG?)
Механически планирую отключать ВСЁ и от генератора, и от аккумулятора.
Насчёт защиты цепи +12V от КЗ - видимо, датчик тока всё-таки включу, и будет почти типовое включение 34063 (не считая того, что на S2 управление будет передаваться через автотрансформатор).
Стабилизатор S1/БУ1 работает не только стабилизатором напряжения, но и ограничителем тока, чтобы, когда напряжение на заряжаемом аккумуляторе меньше 4,2 Вольта, зарядный ток не привышал 900 мА. S2/БУ2 - чистый стабилизатор напряжения, ограничение тока - для защиты
Логическое ИЛИ на диодах при напряжении 0,3 Вольта, мне так казалось, не работает.
На разряженном в ноль акуме напряжение 3 Вольта, тогда на резисторе должно падать 1,2 Вольта. При токе 900 мА это около лишнего Ватта. Не очень хочется терять.
На диоде Шотки падает 0,4 Вольта, что при разрядном токе 12 А даёт 5 Вт потерь. Совсем не хочется терять. (Понимаю, акуму будет очень нехорошо, но что поделать, если на момент понадобится).