Буферы медленные. Частота TCK примерно 24 МГц в USB Blaster. В совокупности с буферами, расположенными внутри бластера и задержками в шлейфе(плате) происходит нарушение времянки.
Цитата
И ещё: есть ли способ непрерывно генерировать сигналы JTAG с USB бластера и смотреть осциллограммы (TDO, в частности)?
Написать jam файл и запустить его из quartus programmer.