Цитата(Integral @ Oct 4 2008, 21:50)

Но как можно без еепрома сохранять эти настройки?

внешнюю микруху памяти подклячать тупо както....
Включите супервизор (BOD) соответствующим фузом и не морочьте себе голову. Если и это не поможет - показывайте разводку. При правильной разводке и с включенным супервизором EEPROM не слетает.
Цитата(Integral @ Oct 4 2008, 21:50)

Может Вы знаете как во время работы программы перезаписать значения во флеш памяти?
Это описано в разделе Boot Loader Support даташита. На сайте Атмела есть несколько Application Notes посвященных этому вопросу.