Это глюки атмела. У процессоров очень нестабильный jtag интерфейс. Раньше грешил на различные переходники, но без них( с отладочной 4-х слойной платой и стандартным 20-пиновым разъемом) картина та же самая.
Видимо когда в проц уже загружена программа вся прериферия и ядро не всегда могут остановиться. Полное стирание кристалла перед прошивкой помогает. Учтите однако что стирание через j-flash тоже проходит не с первого раза. Если ничего не помогает - последнее средство ножка Erase.
Так же учтите что у процов очень чувствительный к статике генератор - можете вывести проц из строя "ни с того ни с сего".
Удачи.
Yes, there are two paths you can go by But in the long run Theres still time to change the road youre on.