Павел правильно все сказал. Я только его дополнить хочу на случай, если Вы не очень хорошо представляете объем работы. ПЛИС + проц однозначно! И месяцы работы

Либо специальная микруха, которая денег будет стоить не мало и разбираться с ней тоже придется.
Восстановление синхронизации - это приведение опорного источника тактовой частоты к эталонному, расположенному вне Вашего устройства. Если перед Вами просто Е1 или все, что угодно, что передается непрерывно по меди, оптике или радиоканалу, то восстановление синхронизации - дело техники. Алгоритмы давно отработаны и известны. А как Вы себе представляете выстраивать в непрерывный поток пакетную передачу с непостоянным временем доставки пакетов, негарантированой очередностью этих самых пакетов, и в конце концов, потерей пакетов?
Этих железок уже достаточно на рынке, так что и эти алгоритмы научились реализовывать. Но Ваш опорный тактовый сигнал превратить в эталонный можно на ПЛИСе или еще какой внешней микросхемой несколькими методами: прямого синтеза, PLL, добавление-исключение импульсов. Все это недоступно никакому процессору. Это должно делаться снаружи ПОД УПРАВЛЕНИЕМ процессора и того алгоритма, который Вы разработаете. Этот алгоритм является святая святых каждой фирмы, которая реализует технологию TDMoIP или TDMoEthernet.
Удачи Вам! Не бойтесь потерять время, задача очень интересная!
P.S. Сам не реализовал, руки никак не дойдут

Но просчитывал и алгоритмы разробатывал.