Проблему сбоя загрузки Spartan-3 решил сам, отсоединив все конденсаторы в прилагаемой схеме загрузочного кабеля. В схеме Jtag3_sch.pdf TCK,TMS,TDI инвертируются, а в применяемом мною схеме кабеле - нет. Но всё работет, Xilinx грузится, XCF2S программируется.