Вообще-то создание файлов Gerber из Вашей PCB - отдельная работа (читай - отдельные деньги

). Тем более если производитель не использует в работе AD, с этим могут возникнуть трудности.
File->Fabrication Outputs->Gerber Files
Точность файлов Gerber определяется классом самой платы. Чтоб не ошибиться, укажите дюймы 2:5. Контур платы нарисуйте в одном из свободных механических слоев и отметьте его в списке слоев, из которых нужно сделать файлы Gerber. Drill Drawings - графические обозначения отверстий разных размеров, для производства вряд ли потребуется, ничего не отмечайте. Apertures тоже не трогайте, там все как нужно. В Advanced советую выбрать опцию Reference to absolute origin.
File->Fabrication Outputs->NC Drill Files
Точность задайте такую же, какую выбрали для файлов Gerber, и также выберите опцию Reference to absolute origin, чтоб не было проблем с совмещением сверловки и слоев при импорте в редактор CAM. Для сверловки создается три файла с расширениями drl, drr и txt. Нужный Вам файл с координатами и диаметрами отверстий как ни странно имеет расширение txt (глубокий смысл не понял до сих пор), остальные два с меня никогда не требовали.
З.Ы. Слои Solder - паяльная маска, Paste - трафарет для нанесения паяльной пасты. Соответственно, с Вас требуют Top Solder и Bottom Solder. С диаметрами отверстий до и после металлизации производитель обычно сам разбирается. Насколько я знаю, по умолчанию считается, что указан диаметр металлизированного отверстия.