Разобрался, чтение документации помогло

В даташите на ядро указано что сначала пользователь устанавливет сигнал cfg_interrupt_n и номер прерывания на cfg_interrupt_di[7:0] . В ответ ядро устанавливает cfg_interrupt_rdy_n для поддтвеждения.
В примере из XAPP1052 наоборот. Пользовательское ждет cfg_interrupt_rdy_n и после этого устанавливпет cfg_interrupt_n. Косяк. Не ясно только как господа из ксалинкса этот пример тестировали.