Контроллер отдельно, 12-и битный АЦП отдельно. Встроенных хорших 12-ти битных АЦП не встречал. Кроме ТТХ контроллера еще нужно учесть силы разработчика, которому придется осваивать этот контроллер

. Т.е. учесть доступность дополнительной информации по нему, например, в интернете, в форумах, консультации у производителя (завдского описания не всегда хватает). Еще подумать о средствах разработки и отладки.
Контроллер, например, LPC2378. Там есть все, что вам требуется + еще Ehtenet.
Выбор внешних АЦП больше, чем втроенных в контроллер. АЦП искать у Analog Device.