У меня на AT91SAM7SE512 работает АЦПха. Сигнал оцифрованный выводится через USB на график в комп. Последний разряд иногда скачет, иногда нет (когда сигнал попадает точно между соседними делениями).
При этом на входе АЦП стоят усилки с коэф. 500-600

входы усилков закорочены ессно.
Плата 4-слойка, земля одна общая, правда цифровая часть отделена от аналоговой разрезом в заливке. Соединяются 2 эти части какбы под входами АЦП контроллера.
Мой совет попробуйте вывести младший разряд АЦП на светодиод (или 2 мл.разряда на 2 светодиода) и отключить на это время USB, а запитать от батарейки. По миганию светодиода определите исчезает ли наводка или нет.
По опыту с 12битным АЦП длина проводников порядка 2-3см дает шум на входе АЦП на 1-2 мл.разряда. По-видимому изза индуктивной/емкостной наводки на входные цепи. Да еще в самой близи входа АЦП очень желательно повесить емкость порядка нескольких нФ на землю!