Видимо версия AVR Studio у меня другая(v. 2.1.0 Build id: R200812171028). Запнулся на некоторых пунктах. Поэтому бы хотел попросить вас прокоментировать некоторые пункты, их назначение.
0) Где задавать адрес 0х80002000? Я думал это значение смещения при прошивке кристалла.
6) UTILS надо брать из AVR32-SoftwareFramework-AT32UC3A-1.4.0\AT32UC3A-1.4.0\UTILS?
7) у меня там помимо указанных вами флагов ещё какие-то были. Я их вытер

Естественно после прошивки с такими настройками через USB DFU вуаля... и из диспетчера оборудования пропадает UC3:)))