Вариантов 2:
1. Собственно говоря вы лезете в исходники линукса и находите там сырцы под свой МК. С подключением сырцов пишите свой драйвер. И затем через него уже лезете к выводам порта.
2. Используете готовую либу GPIO (включив в ядре поддержку и пересобрав). Тут уже надо полазить по исходникам (или по /proc) и посмотреть какие функции экспортируются. А потом по ним обращаться.
Вариант со своим драйвером имеет + и -...
+ - разберетесь что и как
- - долго это

Почитайте книжку Linux Device Drivers - там все-все написано... особое внимание обратите на wmb()/rmb() иначе можно неплохо "втупить"...