Прошу прощения за поднятую бучу!
Все оказалось гораздо проще.
Ко входу D.4 подключен выход сдвигового регистра 74hc157.
Опрос пина был сразу после строба SCK и регистр просто не успевал переключится.
Частота процессора 16MHz а у регистра время установления выхода большое вот от он то успевал то нет.
А команда CLI просто добавляла необходимую задержку
Но благодаря defunct возможно сразу избежал следующего косяка с прерываниями:
Если время выполнения прерывания TIM1 окажется больше чем период TIM2 то возможен повторный вход в в TIM2.
Устранил эту ситуацию запретом прерывания по TIM2 путем записи в TIMSK на старте и последующим разрешением на выходе.
Код
TIM2: PUSH RTMPA
LDI RTMPA,$40
OUT TIMSK,RTMPA
SEI
IN RTMPA,SREG
PUSH RTMPA
.
.
.
POP RTMPA
OUT SREG,RTMPA
LDI RTMPA,$50
CLI
OUT TIMSK,RTMPA
POP RTMPA
RETI