Скрывать выводы нужно в таких случаях. Делается групповое скрытие и присваивание имени net элементарно через sch list. 4 клика на один компонент с любым кол-вом скрываемых выводов.
Накладывать выводы друг на друга в sch или переименовывать pad в pcb - это для тех, у кого много свободного времени.