Возможно вам будет интересно прочитать для начала ветку
http://electronix.ru/forum/index.php?showtopic=59302, там на мой взгляд вопросы "FPGA vs CPU" освещены чуть менее, чем полностью. Вкратце: FPGA интересны, когда надо делать относительно простые операции, но много и быстро. Относительность простых операций - это может быть вплоть то h.264 с межкадровым. Еще нередко случается, что DSP оказывается и так обвешан ПЛИСами всякими до такой степени, что проще уже все расчеты в них сделать.