А в чём смысл гальванической развязки, если аналоговая часть имеет прямой контакт с цифровой? Я уже в форуме по электробезопасности ставил похожий вопрос:
http://electronix.ru/forum/index.php?showtopic=53361 Гальваническую развязку обычно используют либо для уменьшения помех, либо для сопряжения с другими сигналами других источников питания "на лету". Поэтому аналоговая часть должна "висеть в воздухе" относительно цифровой земли. А вот по поводу корпуса - насколько я понимаю корпус металлический, а значит это доступная металлическая часть прибора (до неё можно получить непосредственный доступ без применения инструмента). Любая доступная металлическая часть прибора должна быть заземлена во избежание в случае пробоя основной изоляции появления опасного напряжения на доступной металлической части прибора, следовательно, сразу же имеем дело с устройством первого класса электробезопасности. Корпус - грязная земля, поэтому я бы цифровую землю, землю USB подсоединял бы через дроссель, как это техасовцы делают, для уменьшения проникновения высокочастотных помех в цепи прибора. Я бы Вам рекомендовал сделать как у меня в ветке, указанной ссылкой выше нарисовано. Решение 100% работоспособное, вопрос с соответствием ГОСТам по электробезопасности до конца так и не решён.
P.S. А компьютер кстати какой? Если ноут - то там ИП по второму классу, земли естественно нет. А если стационарный, то вряд ли медицинского исполнения, поэтому земля быть там обязана.