Есть 2 варианта загрузки через SAM-BA -- USB/UART, режим выберется путём замыкания ног PIO. В даташите на контроллер описано.
Один раз попадался контроллер который шился черех уарт по умолчанию (после TST).
И, разве SAM-BA управляет ключом который сигналит хосту о подключении.
Попробуйте поставить резистор между 1.5к между 3.3V и D+ USB.
Эскизы прикрепленных изображений