В тулзах\конфига тулз яра создаете новый и в нем прописываете запуск программирования через командную строку в качестве аргумента с корректными путями. Типа:
Код
Stk500.exe -ms -cCOM4 -I250kHz -dATmega16 -e -ifdisplay.hex -pf -vf -fC73F -FC73F -lFC -LFC
Можно настроить горячие клавиши. Точнее не скажу - не помню. Раньше пользовал сейчас просто запускаю батник. Поэксперементируете. Студию можно вообще не ставить - скачать с атмла авркоммандлайнтулз. Он поставит необходимое окружение.