Как втянуть в квартус информацию о пинах - не знаю. Скорее всего такой возможности нет. Пробовал разные варианты - не вышло. А вот ядра из квартуса очень даже ничего импортируются и работают. Но знаю точно, что если платы тестовые, и pcb выполнены в Альтиуме, то стоит Вам попробовать в этом самом Альтиуме и проект ПЛИС сделать. Ведь попытка - не пытка