Извините меня конечно, но я не особо понял что там написано

. В том то и суть что запутался конкретно. Что такое PLL Filter и с чем его едят и на фига он нужен. Посмотрел скрины программы SAM-BA и не нашел там аналога настройки фюсов как в AVR. Не пинайте сильно в живот, запутался я

лучше пните туда где по русски и в более развернутом виде это можно почитать.