Решил вопрос использованием EscapeCommFunction, выполняется ~1мс, сигнал подмешал в линию через К155ЛА3 =)
Теперь BREAK передается так:
CODE
EscapeCommFunction(hComPort,SETRTS);
EscapeCommFunction(hComPort,CLRRTS);
Всю работу с СОМ портом вынес в отдельный поток, полет нормальный.