Я вот так половину тактовой частоты периферии подаю на вывод 46
Код
// Настраиваем входные и выходные сигналы
PINSEL0 = (PINSEL0 & ~(0)) | 0x0;
// Вывод 46-P0.16 как MAT0.2
// Вывод 3-P0.21 как МАТ3.0
PINSEL1 = (PINSEL1 & ~((3<<0)|(3<<2)|(3<<4)|(3<<6)|(3<<8)|(3<<10))) | ((2<<0)|(2<<6)|(2<<8)|(2<<10));
// Настраиваем таймер 0 на выдачу сигнала SCK частотой 12,8 МГц - половина тактовой
PCONP |= PCONP_PCTIM0; // Подаем питание на таймер
T0TCR = 2; // Остановим и сбросим таймер
T0CTCR = 0; // Работа в режиме таймера
T0PR = 0; // Предделитель не используется - на таймер подается CCLK 25,6 МГц
T0MR0 = 1; // Определяет период выходного сигнала
T0MR2 = 1; // Определяет период выходного сигнала
T0MCR = T0MCR_MR0R; // Сброс по совпадению с MR0
T0EMR = 0;
T0CCR = 0; // Запретить режим захвата по всем входам
PWM0CON = 1<<2; // Разрешим генерацию PWM на выходе MAT0.2