Цитата
импульсы на входе порта за счёт подтягивающих резисторов
Вы уверены, что они физически есть? Pull-down снаружи присутствует?
Цитата
*rgIECR = 0xFFFFFFFF;// AIC_IECR
Не стоит включать все подряд. И способ несколько странный - вместо использования многочисленных указателей можно просто написать *AT91C_AIC_IECR = (1UL << AT91C_ID_IRQ1) | (1UL << AT91C_ID_IRQ2);
Далее - куда Вы хотите попасть, и что написано в стартапе?