1. Туда можно ставить и реально ставятся конденсаторы 0402.
2. Сигнальные ВИА ставите в направлении от центра, внутренние силовые ВИА к центру - образуется эдакий свободный "поясок" между рядами ВИА, туда тоже порядком конденсаторов влазит.
3. Откуда у Вас там проводники взялись? Питания ПЛИС делаются плэйнами и переходные садятся непосредственно на эти плэйны.
В итоге около 2-х десятков или чуть больше конденсаторов можно уместить непосредственно под чипом, а остальные уже по периметру. Кстати как-то находил именно на сайте Альтеры интересную доку, насчет кол-ва и номиналов конденсаторов по питанию и качества полученных питаний. Так вот никакой зависимости 1пин/1 конденсатор там не было, значительно меньше получалось.
Нашел еще раз:
http://www.altera.com/literature/an/an448.pdfhttp://www.altera.com/literature/an/an355.pdfhttp://www.altera.com/literature/an/an315.pdfПосмотрите эти аппноты, они не конкретно по Циклону, но не суть, принципы один и те же.