Често говоря не понял как АЦП может внести фазовый сдвиг на 180 градусов? Это просто инверсия сигнала! поставьте знак минус и скомпенсируете фазу в 180 градусов. Если надо повернуть фазу во всем диапазоне частот на заданную величину, то лучше всего это делать задержкой на заданное время. Причем можно задержать внутри одного интервала сэмлирования. Это давно давно придумали уже в системах символьной синхронизации. Помочь могут фильтры Фарроу. Подробнее читай
здесь. КОмпенсацию АЧХ можно произвести в частотной области, при этом при правильной реализации фаза не пострадает