Загрузка кристалла от EPCS (активный режим конфигурации) самый оптимальный как по цене ПЗУ так и по количеству перепрограммирования этого flash. Программировать это ПЗУ можно по JTAG Cyclone с помощью Байтбластера MV. Как это делать в an370.pdf. Схема БайтбластераMV тоже на сайте Альтеры (одна микросхема hc244). Что касается источников, мне нравятся сдвоенные фирмы TI (например TPS70348, 1А). Для Вас это многовато. Можно подобрать по потребностям. Вариантов море и от других фирм.