Даа, касяк.. Не думал что у LPC нету счетного входа.
Если позволяет время, можно измерить частоту очень злым способом

:
Настроить интервальный таймер на период измерения, скажем 0,1 с, а затем в цикле опрашивать какой-нить пин, и если происходит его изменение, увеличивать счетчик. Когда таймер отработает, остановить цикл и считать значение. Думаю таким способом 5-7 МГц можно измерить.
Точность, как понимаете, зависит от интервала измеерния.