по п.2
В хелпе к аврстудио показано, что сигнал nSRST (нога 6 разъема BH-10) опционально может подключаться к сбросу контроллера.
Это подключение помогает, когда софт контроллера запрещает JTAG, Для этого программатор через нее подает сброс на контроллер.
В то же время подключение ее к ноге PD2 программатора позволяет ему "видеть" уровень на ноге RESET контроллера.
Для чего нужна такая функциональность - не знаю. Но у себя я ее завел.
Сигнал nTRST (нога 8) атмелом вообще не используется (Not connected, reserved for compatibility with other equipment (JTAG port reset))
Для сравнения можете посмотреть приложенный файл с оригинальной схемой прграмматора (на предмет какие ноги куда идут)
по п.3 А если таргетов штук 50? зачем лишние детали?