Сейчас квартуса под рукой нет, но попробую объяснить.
Квадратурный перенос осуществляется с одной частоты на другую.
Т.е. Fрез = Fсигн - Fnco (или Fрез = Fnco - Freз кому как нравится

), где Fрез - частота результирующего сигнала, Fnco - частота NCO, Fсигн - центральная частота сигнала.
Константа на входе - это код требуемой частоты.
Допустим имеется частота дискретизации 112 Мгц, частота сигнала 28 Мгц.
Если необходимо перенести "в ноль" (обычно как раз это и надо), то требуемая частота работы NCO тоже должна быть 28 МГц.
А частота дискретизации при этом (Sample rate) = 112 ММГц.
Код же частоты определяется через отношение Fnco/Fдискр с учетом масштабного коэффициента.
К примеру если требуется поставить NCO точно в центр анализируемого частотного диапазона, тогда как раз и можно ограничиться манипуляциями по пунктам 1 и 2.
P.S.: Вполне можно еще задать и начальную фазу, тольк5о в обычном случае это совсем ни к чему.
P.P.S: Да, чуть не заыл. Помимо разностной частоты возникает сигнал и на суммарной частоте, в связи с этим используют дополнительную фильтрацию "нежелательных" составляющих.
Правильно сформулированый вопрос содержит в себе половину ответа.
P.S.: Некоторые модераторы в качестве ответа так навязчиво предлагают посетить свой сайт, что иначе как саморекламу такие действия интерпретировать сложно.