Цитата(SergeyA100 @ Oct 7 2009, 09:39)

Зашил бутлоадер в атмегу. По RS-232 передал прогу, она нормально прошилась (читал програматором AVReal), после чего несмотря на установленный фьюз BOOTRST=0 контроллер запускается с 0-го адреса

Что значит запускается с 0-го адреса?
Вы под отладчиком смотрели с какого адреса он запускается?
Вполне возможно что в бутлоадере стоит джамп на 0-й адрес.
Посмотрите логику работы бутлоадера.