Цитата(DAPA @ Oct 17 2009, 17:12)

dum = AT91C_BASE_PIOA->PIO_ISR;//разрешить следующее прерывание IRQ1(сброс ВСЕХ прерываний)
Это сброс прерывания PIO, к внешним IRQx никакого отношения не имеет.
Еще забыли запись AIC_EOICR в конце обработки прерывания.
Цитата(DAPA @ Oct 17 2009, 17:12)

AT91F_PIO_CfgInputFilter(AT91C_BASE_PIOA, IRQ_1);//включение входного фильтра для линии IRQ1
Входной фильтр распространяется только на модуль PIO, к периферийным входам пин всегда подключен напрямую.
Цитата(DAPA @ Oct 17 2009, 17:12)

AT91F_PMC_EnablePeriphClock(AT91C_BASE_PMC, AT91C_ID_IRQ1 );
В этом тоже нет необходимости.
Если честно, не вижу причин почему бы прерыванию не срабатывать.
Не забыли ли включить прерывания глобально?
Как организована обработка вектора (0x18) прерывания?