Цитата
длительность импульса (поставил бит в порт-снял бит с порта) - соотв частоте 1МГц. Запись 1 МБ памяти занимает около 2-х секунд!!!
Если посчитать та если у вас на операция записи длится 2 импульса или даже 1, то 1 миллион обращений и вылезает в приведенные вами времена. А чего вы хотели?
И что за проблеммы с памятью?
Тот же самый PIO адресуется как ячейка памяти. У NIOS все, что не входит в ядро является памятью.