Доброго времени суток!!!
А может быть в памяти программ 2 таблицы векторов прерываний (одна bootloader'a вторая прикладной программы)?
Так, что бы пока bootloader работает, выполнялись его обработчики прерываний, а когда выполняется прикладная программа, то исполняются ее обработчики.
2Редактор А нельзя ли поподробнее о STARTUP'е, а то я не догоню что-то.