Вопросы: какая нужна дальность? Каков характер передаваемой информации?
А набор особенностей стандартный:
1. LVPECL/PECL дифференциальный
2. необходим полностью сбалансированный или скремблированный линейный код
3. сложность с выделением данных/тактовой частоты без отдельной ИС CDR (знатоков Virtex-II Pro не касается

)
5. удобно использовать через serializers/deserializers/SerDes от Maxim, Micrel, AMCC и др. или что-то типа Cypress HOTLINK.