Цитата
Впихнул все в один проект
Зачем два проекта включать в один?
Проще и правильней собрать отдельно апликейшн и отдельно бутлоадер.
Залить бутлоадер в МК программатором.
Залить апликейшин средствами бутлоадера.
Тем самым протестировать что все ОК.
Затем если надо тиражировать - прочитать всю флеш этого МК, полученный образ бутлоадера с аппликейшином шить в остальные МК.
К тому же в подавляющейм большинстве случаев бутлоадер один, а аппликейшинов разных много. Будете лепить и компилить бутлоадер для каждого аппликешина?