Используем чипы и фирменные шнурки от FTDI на скоростях от 2400 до 750000(трафик от 20б/с до 100кб/с) - указанных симптомов не наблюдалось даже при прогоне 24/7.
Ищите ошибки в своих программах. Настоятельно рекомендую посмотреть наличие 0x00 перед местами возникновения потенциальных потерь.( Как ни странно - весьма распространенная ошибка

)