Ага, видел этот пост. Одна из причин для меня отказаться от использования SAM-BA - глючный шнурок USB<->UART, который иногда подвешивает драйвер, и если терминалку или мой собственный загрузчик можно снести таскменеджером, то атмеловская SAM-BA v2.6 если зависнет, то лечится только ребутом

А так, предложенная Вами процедура - действительно удобный способ подготовить камень к обновлению прошивки, типа юзер в меню выбрал "активировать загрузчик" - и вуаля