Цитата(prottoss @ Jan 3 2010, 20:13)

Тогда может быть флаг AT91C_TC_BURST_XC2 для блокировки первого счетчика ставить после запуска счетчиков?
Да, можно так. Т.е. запуститься от внутреннего клока, а потом "на горячую" перекинуть его на внешний.
Надо заметить, что таймеры SAM7 вообще плохо приспособлены для работы с внешним тактированием или для подсчета импульсов. Приходится выдумывать различные work-around'ы.