1) Уберите задержки из процедуры обработки прерывания, только придурки их там ставят

.
Изобразите что-нибудь по-проще, например:
Код
{
TCNT1H = n1; // Reinitialize Timer
TCNT1L = n2;
PORTC.3 ^= 1; // Bit 0 inverse
}
Здесь операция XOR инвертирует младший бит C-порта. Т.е. после отработки прерывания этот бит будет заменяться на противоположный. Если на этом пине висит светодиод, то он будет моргать с частотой вдвое медленней, чем частота таймера (первый такт горит, второй не горит).
2) Разрешите прерывания! По умолчанию они запрещены:
TIFR = 0x4; // TOV1, только T1 используется
TIMSK = 0x4; // TOIE1
3) делитель поставьте, хотя бы для начала:
TCCR1B = 0x3; // делитель - 64
Потом убавите, а то слишком быстро мигать будет.