если задача состоит только в преобразовании сигналов энкодеров и выдаче значений ЦАП, то справится и один практически любой МК. Учитывая, что разница в стоимости их от 1 до 10$, то можно и подороже поставить.
Не совсем понимаю правда как вы по ком порту будете эти энкодеры читать и как обрабатывать. Хотя может быть у вас он очень тихонько вращается.

И всего один энкодер.

И как вы будете подключать какое-то уникальное изделие к "на компе обработку выполнит нужная программа по заданному алгоритму".

Предполагаю, что какоё-то "спец" вам сказал, что "вот на компе я мастак на все руки и напишу - просто даром, а вся проблема энкодеры считать".

Так вы не верьте этому спецу. Вся проблема в проге, а энкодеры вам и за 15тыр считают.
Бабки возьмут и те и те, ничего сделано не будет, оборудование пол года будет стоять (ведутся наладочные работы). Плюс потом перепихон устроят - кто в этом бардаке виноват. То ли энкодеры хреново читаются, а клапана управляются, то ли прога из под винды не успевает эти пару энкодеров считать и нажать на клапан, а бревно уже до размера спички стесали. :-D
Мой вам совет - купите готовую систему, если есть такое предложение.