Не работал с 3-м Циклоном (и вообще Альтеру подзабыл), но всё-таки.
1. Как Вы судите о том, что "Cyclone3 не выходить из начального POR"?
2. Почему на Nconfig напряжение 1v ? Какое вообще напряжение питания ног I/O?
3. Я правильно понимаю, что Вы хотите, чтобы микросхема загрузилась с флешки, или что Вы ждете от нее.
4. Что получается при попытке прошить микросхему через JTAG?
Причина редактирования: Бездумное цитирование