Связь внутри прибора на одной плате или между платами или межприборная? Условия эксплуатации какие (электромагнитная обстановка)? Гальваническая изоляция нужна или нет? Ведущий всегда один или любой МК может быть ведущим? Какие интерфейсы свободны? Наверное самое простое - использовать UART совместно с маркерным адресным протоколом связи.