Месяца полтора назад я Вам предлагал воспользоваться DCM. для генерации
тактового сигнала, Вы пробывали? Скорее всего дело не в этом, но все равно это порочная
практика заводить на тактовый вход сигнал с комбинационной логики.
В ИСЕ в схематике сидят только самоубийцы. Вам тут уже советовали перейти на ActiveHDL
если так хочется работать со схемным редактором. Все кристаллы ActiveHDL поддерживает,
тем более древний spartan3, и DCM там есть библиотечным элементом.
Пробуйти и отпишитесь, если опять ничего не получится, то я Вам лично напишу эти несчастные три строчки кода,
отлажу

благо spartan3e лежит на столе, откоменчу и вышлю Вам на почту,
не дело это по полтора месяца чертей ловить.