Что-то не так. Собственно библиотеки не нужны, все компоненты что есть на схеме присутствуют в Design Cache, это такая внутренняя библиотека проекта, благодаря ей схема не зависит от наличия библиотек, всё необходимое хранится в Design Cache, прямо в самом .dsn файле.
Можно попробовать найти эти "лишние" компоненты через Edit->Find. Если у Вас проект со сложной иерархией, когда один Schematic используется на схеме несколько раз, то примерно так и должно быть: одному элементу на схеме соответствуют несколько компонентов в нетлисте и в BOM, с разными Reference,
--------------------
Russia est omnis divisa in partes octo.
|