Цитата
DDRB = 0xFF; выход
DDRD = 0x00; вход
Это правильно.
Выходами можно зажигать лампочки.
К входам подключаются кнопочки.
Цитата
Что значит управиляет подтяжкой?
Pull-up или подтягивающий резистор. В атмеге это резистор который подключается между пином и VCC (если пин - вход (DDRx.i = 0)) при условии что PORTx.i=1. Позволяет удерживать потенциал входа в состоянии логической 1 если кнопка не нажата.
А вообще приведите схему тогда точно будет понятно нужно-ли включать подтяжку для кнопочек и каким уровнем управляются лампочки (которые скорее всего являются светодиодами).