Вы привели выдержку для выходной функции выводов, тут все соответствует действительности, а вот мне нужно сконфигурировать пин, как вход для запуска таймера. Причем к этому входу должны внутри подключиться оба входа CCI0A и CCI1A для запуска таймера по переднему фронту и останова по заднему. Проект только начал, так что исходник почти весь и привел.

А при отладки уперся в то, что сигнала на входе нет (он просто коротится на землю), а ведь я его подтягиваю до питания, потому что у м/с BQ2016 выход - открытый исток. Ну да ладно, отстану я от этих внутренних резисторов (P1REN), прилужу снаружи резистор, все должно работать у таймера.