Это действительно проблема. Обычно ставят резисторы под килоом между MOSI/MISO и его потребителями, а разъем для внутрисхемного программирования присоединяют напрямую. Тогда прошивке потребители не мешают. А иначе часто случается, что прошить МК не удается.
Например, демо-ключ AT90USBKEY выпускается с разъемом JTAG. А посколько через JTAG авээрки я программировать не умею

, то аккуратненько подпаялась проводками к SPI. Однако у меня ничего не вышло. Программатор Avreal32, который на этом типе МК работает исключительно устойчиво, не мог даже определить тип микросхемы. И вина в том не программатора, а отсутствие в схеме означенных резисторов.