Используйте под каждый замер разный таймер. Ведь у микроконтроллере не один таймер.
Можно в прерывании от таймера увеличивать переменные (переменных выделяется столько, сколько нужно делать замеров). По событию вы берете значения переменных это и будут ваши замеры.