Ошибки чтения регистров BAR Опции

[Fair]

Возникла следующая проблема.
При запросе значений базовых регистров BAR0 и BAR1 с разрядностью в 64бита периодически то старшие 4 байта, то младшие возвращаются 0xFFFFFFFF. Ошибки возникают при организации DMA транзакции по передаче данных из компа в плату, при чтении ничего такого не происходит. Долго искал ошибку в проекте ПЛИС, ошибку не нашел, но выяснил, что на разных материнках ошибки разные. На материнках ASUS проблем никаких нет, все идет нормально, а вот на Gigabyte ошибки идут пачками.
На плате используется Stratix II GX + ядро от Altera. В качестве системного драйвера используется Jungo WinDriver.
Подскажите в чем может быть проблема, может кто сталкивался уже с таким.